A trama de X-Men: Endangered Species, é o pontapé inicial de uma crise que envolve os títulos mutantes. Endangered Species é uma conseqüência dos eventos de Dinastia M, quando a Feiticeira Escarlate declara o fim dos mutantes. Desde então, sobraram apenas cerca de 200 mutantes no Universo Marvel e mais nenhum outro nasceu. Os mutantes precisam lidar com o fato de que agora são, literalmente, uma espécie em extinção. A história começa com um funeral, ao qual vários mutantes e ex-mutantes comparecem, tais como Rictor, Lupina, Madrox, Míssil, o Professor Xavier, Ciclope, Emma Frost e Homem de Gelo. “É sobre a descoberta, a compreensão de que os mutantes atingiram o limite e se tornaram uma espécie ameaçada, rumando para a extinção. E possivelmente atingiram o ponto em que ela é irreversível”, revela Carey. A partir do one-shot, inicia-se uma série de histórias de apoio, com oito páginas cada, semanalmente em quatro títulos mutantes (X-Men, Uncanny X-Men, New X-Men, e X-Factor), totalizando 17 partes, publicadas entre julho e outubro. A primeira foi publicada em X-Men #200. Mike Carey cuida da estrutura destas histórias. O centro da narrativa é o Fera, que tenta descobrir a causa do desaparecimento do gene mutante e reverter a situação.
